Génétique Quantitative Appliquée
Parcours : Parcours Plantes, Environnement et Génie Ecologique
Organisation du parcours PEnGE
Les 2 années (M1 et M2) sont organisées en 4 semestres de 30 crédits chacun :
- M1-Semestre 1 : de septembre à janvier
- M1-Semestre 2 : de janvier à mai
- M2-Semestre 3 : de septembre à décembre
- M2-Semestre 4 : de janvier à juin (ou septembre)
Description des UE dans la rubrique Cours ci-dessous.
- Cours (CM) -
- Cours intégrés (CI) -
- Travaux dirigés (TD) 4h
- Travaux pratiques (TP) 40h
- Travail étudiant (TE) -
Langue de l'enseignement : Français
Description du contenu de l'enseignement
L’objectif de cette unité d’enseignement est d’introduire de manière appliquée les notions de génétique quantitative. La génération et l’analyse de données à haut-débit sera abordées dans le cadre de deux séries complémentaires de travaux pratiques.
Travaux pratiques expérimentaux :
- Analyse de liaison classique (croisement, génération de la descendance, phénotypage)
- Analyse de liaison par pool de descendants
- Edition via CRISPR-Cas9
- Séquençage d’un génome complet via la stratégie Oxford Nanopore MinION
Travaux pratiques bioinformatiques :
- Analyse des données de séquençage : Illumina et MinION
- Établissement des cartes génomiques et analyses de pools de descendants
- Séquençage de type MinION et détection des variants structuraux
- Analyses QTL et aussi pool de descendants
- Recherche et analyse des régions
- Comparaison des séquences des parents
Travaux pratiques expérimentaux :
- Analyse de liaison classique (croisement, génération de la descendance, phénotypage)
- Analyse de liaison par pool de descendants
- Edition via CRISPR-Cas9
- Séquençage d’un génome complet via la stratégie Oxford Nanopore MinION
Travaux pratiques bioinformatiques :
- Analyse des données de séquençage : Illumina et MinION
- Établissement des cartes génomiques et analyses de pools de descendants
- Séquençage de type MinION et détection des variants structuraux
- Analyses QTL et aussi pool de descendants
- Recherche et analyse des régions
- Comparaison des séquences des parents
Compétences à acquérir
- Disséquer l’origine génétique de caractères complexes
- Acquérir des techniques pour des analyses de liaison génotype-phénotype
- Séquencer une population de cartographie et des génomes complets
- Analyser des données de séquençage à haut-débit
- Acquérir des techniques pour des analyses de liaison génotype-phénotype
- Séquencer une population de cartographie et des génomes complets
- Analyser des données de séquençage à haut-débit
Contact
Responsable
Joseph Schacherer