Techniques de biologie moléculaire et cellulaire végétales
Parcours : Parcours Plantes, Biologie Moléculaire et Biotechnologies
Organisation du parcours PBM-Biotech
Les 2 années (M1 et M2) sont organisées en 4 semestres de 30 crédits chacun :
- M1-Semestre 1 : de septembre à janvier
- M1-Semestre 2 : de janvier à mai
- M2-Semestre 3 : de septembre à décembre
- M2-Semestre 4 : de janvier à juin (ou septembre)
Description des UE dans la rubrique Cours ci-dessous.
- Cours (CM) 10h
- Cours intégrés (CI) -
- Travaux dirigés (TD) 5h
- Travaux pratiques (TP) 35h
- Travail étudiant (TE) -
Langue de l'enseignement : Français
Description du contenu de l'enseignement
Cette UE donne une large place à la formation pratique des étudiants :
- Réglage des différents modules d’observation d’un microscope optique (fond clair, DIC, contraste de phase, fluorescence).
- Observation d’un échantillon en microscopie électronique à balayage par la technique du Serial Block Face Imaging.
- Initiation à l'utilisation d'un microscope confocal et observation de cellules de tabac BY-2 transformées de manière transitoire par bombardement pour identifier les signaux d’adressage sub-cellulaire.
- Acquisition et traitement d'images.
- Analyse de séquences protéiques d’intérêts grâce aux logiciels d’analyse courants disponibles sur le web.
- Manipulation d’un transgène sous contrôle d’un promoteur inductible dans le modèle végétal (cellules de tabac BY-2) et suivi de l’expression du transgène après induction en révélant les transcrits par Northern blot, par RT-PCR semi-quantitative et par RT-PCR (détection SYBER green) et la protéine GFP par immunoblot et par microscopie à épifluorescence.
- Générer une lignée de cellules BY-2 transformées de manière stable par la méthode de l’agroinfection en vue de manipuler les gènes impliqués dans la régulation du cycle cellulaire dans le modèle végétal.
Compétences à acquérir
- Se familiariser avec le mode de fonctionnement des plateformes de l'IBMP : microscopie confocale et microscopie électronique.
- Faire le bilan de ses connaissances et les confronter aux données existantes pour contextualiser et justifier une question scientifique.
- Concevoir un protocole de biologie moléculaire et/ou cellulaire en adéquation avec les contraintes imposées par le modèle végétal.
- Observer et décrire des résultats avec un regard critique pour mesurer les limites d’une technologie.
- Interpréter les données analysées en les intégrant dans un contexte global, et savoir proposer des perspectives
Mener un projet
- Maitriser les techniques et outils spécifiques aux champs disciplinaires
- Mener une veille technologique
- Travailler en équipe
Communiquer
- Maitriser les outils de communication et d’imagerie
- Rendre compte de façon argumentée et synthétique d’une analyse bibliographique dans un champ disciplinaire imposé.
Contact
Responsable
Marie-Claire Criqui